پیش‌تر اشاره کردیم که نسخه بازسازی‌شده‌ی Resident Evil 3 بیشتر شبیه به یک بازنگری است تا یک بازسازی وفادار. حالا بیایید با همین دید به روایت داستان و اتفاقات بازی نگاه کنیم؛ اما متأسفانه آن‌قدر ایرادات ساختاری و منطق‌های شکست‌خورده در روایت وجود دارد که باعث می‌شود تجربه‌ی بازی برای مخاطب سردرگم‌کننده و آزاردهنده باشد.
در ویدیوی آغازین بازی، مخاطب با صحنه‌هایی به سبک لایو-اکشن روبه‌رو می‌شود؛ انتخابی که هیچ توجیه منطقی یا هماهنگی با فضای سری Resident Evil ندارد. بدتر اینکه حتی در این صحنه‌ها نشانی از زامبی‌ها دیده نمی‌شود و همه چیز بیشتر شبیه به یک شورش یا اعتراض خیابانی‌ست تا یک فاجعه‌ی زیستی آخرالزمانی.
در گیم‌پلی نیز مشکلات جدی وجود دارد. برخلاف RE2 و RE4، اگر زامبی‌ها شما را بگیرند، هیچ امکانی برای دفاع از خود ندارید؛ نه از طریق سلاح‌های جانبی مثل چاقو یا نارنجک، و نه حتی با زدن یک دکمه برای فرار. شما مستقیم و بدون راه چاره‌ای توسط زامبی گاز گرفته می‌شوید، و این تصمیم طراحی عملاً حس کنترل و تاکتیک را از بازیکن سلب می‌کند.
برای مثال، در کدام بازی دیده‌اید که باس اصلی در همان کات‌سین آغازین ظاهر شود، بدون اینکه بازیکن حتی توانایی مقابله با او را داشته باشد؟ عجیب‌تر اینکه نمسیس درست در لحظه‌ای از دیوار آپارتمان جیل ظاهر می‌شود که تلفن برد تمام می‌شود! در حالی که شخصیت‌هایی مثل خود برد یا حتی ماروین می‌توانستند اهداف منطقی‌تری برای تعقیب نمسیس باشند و در صورت رویارویی هم جان سالم به در برده اند! نمسیس دیوار آپارتمان را می شکند اما از شکستن یک در چوبی عاجز می ماند؟ حال شما با برد ملاقات می کنید اما خبری از نمسیس نیست! جالب‌تر اینکه برد می‌گوید هیچ‌یک از اعضای S.T.A.R.S به‌جز آن‌ها زنده نمانده‌اند، اما وقتی به اداره پلیس می‌رسید، هم ماروین حضور دارد و هم چند افسر دیگر! بگذریم که وقتی وارد اداره پلیس می شوید دیگر ماروین را در آنجا نخواهید دید. بعد از پایان بازی هم نمسیس در اصل نتوانست هیچ عضوی از S.T.A.R.S را بکشد.
در بخش دیگری از بازی، زمانی که برای رسیدن به هلیکوپتر به پشت‌بام پارکینگ می‌روید، با آسانسور بالا آمده‌اید؛ اما در مواجهه با نمسیس، به‌جای برگشت با همان آسانسور، ناگهان تصمیم می‌گیرید با یک ماشین ناشناخته و احتمالاً ازکارافتاده، با سرعت دیوانه‌وار به سمت او حرکت کنید و خودتان را از بالای ساختمان پرت کنید! و حتی بعد از سقوط به راه رفتن ادامه می دهد! جالب تر آن است که هنوز دلیل منطقی برای منفجر شدن هلکوپتر نیز وجود ندارد چون در آن لحظه نمسیس به راکت لانچر مجهز نشده بود. بعد از سقوط در خیابان کارلوس به شکل غیر منتظره ای با راکت لانچر منتظر شماست! و بعد از شلیک به نمسیس هم اتفاق خاصی برای او نمی‌افتد!
بعد از آن، وقتی از فاضلاب نجات پیدا می‌کنید و دوباره با نمسیس روبرو می‌شوید، به‌جای فرار به کوچه‌های اطراف، مستقیم وارد یک ساختمان نیمه‌کاره می‌شوید و مدام طبقات بالا را طی می‌کنید تا به پشت‌بام برسید! خب واقعاً چه برنامه‌ای داشتید؟ می‌خواستید از آن بالا پرواز کنید؟!
نمسیس هم چندین بار فرصت داشت که جیل را نابود کند، اما هر بار به‌طرز عجیبی منصرف می‌شود! نمونه‌اش جایی‌ست که جیل با نمسیس روبرو می‌شود، و او با یک راکت‌لانچر به سمتش شلیک می‌کند؛ اما نتیجه‌ی این حمله فقط این است که جیل از این‌سوی خیابان به آن‌سوی خیابان پرتاب می‌شود!
در ادامه، کارلوس یک بمب حساس به حرکت برای نمسیس کار می‌گذارد، اما جالب است که هم کارلوس و هم جیل به‌راحتی از جلوی آن عبور می‌کنند و هیچ اتفاقی نمی‌افتد. ولی وقتی نمسیس از همان‌جا عبور می‌کند، ناگهان بمب منفجر می‌شود!
در نسخه کلاسیک، به دلیل قرار گرفتن قطار در محیط باز، حضور نمسیس در واگن انتهایی توجیه‌پذیر بود. اما در نسخه بازسازی، تمام مسیرهای منتهی به مترو مسدود شده‌اند و در آخرین واگن بازماندگان حضور دارند. با این حال، وقتی نمسیس به آنجا می‌رسد، حتی صدای خاصی هم شنیده نمی‌شود! یعنی چگونه اصلاً وارد آن واگن شده؟ حال این قطار چگونه کنترل می شود؟ و میکائیل تنها با یک ریموت کنترل آن را به حرکت در می آورد؟ نکته قابل تامل این است که همه جای شهر برق وجود دارد به جز ایستگاه مترو آن هم برای حرکت.
از همه عجیب‌تر، بعد از خارج شدن قطار از ریل، نیکولای نه‌تنها آسیب نمی‌بیند، بلکه کاملاً سالم در برج ساعت منتظر می‌ماند تا جیل توسط نمسیس آلوده شود. در حالی‌که او قبلاً هم بارها فرصت داشت جیل را از بین ببرد، اما به‌طرز مشکوکی همیشه از این کار صرف‌نظر می‌کند!
یکی از موارد غیرمنطقی دیگر، قتل دکتر بارد توسط نیکولای است. بازی هیچ مسیر منطقی‌ای برای ورود یا خروج از بیمارستان به ما نشان نمی‌دهد. پس سؤال اینجاست: نیکولای چطور توانسته خودش را به بیمارستان و به اتاقی که فقط با صدای دکتر بارد باز می‌شود برساند؟
سؤال مهم دیگر این است: چرا جیل بعد از آلوده شدن به ویروس T به زامبی تبدیل نمی‌شود؟ او تنها بیهوش می‌شود و چند ساعت بعد بهبود پیدا می‌کند، بدون کوچک‌ترین نشانه‌ای از جهش یا زامبی‌شدن! جالب‌تر اینکه در حالی که بیهوش است، خواب می‌بیند که در بیمارستان اسپنسر است؛ در صورتی که اصلاً نمی‌داند کارلوس او را به آنجا منتقل کرده!
در ادامه‌ی داستان، وقتی همراه با تایرل هستید، نمسیس به‌جای هدف‌گیری جیل، تایرل را از بین می‌برد. باز هم شاهد تکرار تصمیمات غیرمنطقی‌ای هستیم که بیشتر به نفع پیش‌برد مصنوعی داستان هستند تا ایجاد تعلیق یا هیجان واقعی.
در پایان بازی، نیکولای به‌جای اینکه واکسن را نگه دارد و جیل و کارلوس را از بین ببرد، ترجیح می‌دهد وارد درگیری با آن‌ها شود و واکسن را نابود کند! تصمیمی که نه با منطق شخصیت‌پردازی‌اش هم‌خوانی دارد و نه با اهدافی که خودش در طول بازی بارها به آن‌ها اشاره کرده است.
